L’éducation catholique est l’une des 25 commissions de la Conférence des Evêques du Burkina Faso, tout comme la commission de la santé, la commission justice et paix, la commission de dialogue avec l’islam, la commission de l’œcuménisme, la commission de dialogue avec les religions traditionnelles, la commission de théologie ou encore la commission du clergé.

Chaque commission est pilotée par un évêque et un secrétaire général.
La commission est l'organe national de réflexion, de consultation et de décision dans son domaine. Ainsi en est-il pour la commission de l’éducation pour ce qui concerne l’éducation. C’est la commission qui élabore et actualise les grandes orientations en matière d’éducation, qui examine et approuve le rapport d'activités et l'exécution du budget annuel du SNEC

Le Secrétariat National de l’Enseignement Catholique est l’organe exécutif de la commission épiscopale pour l’éducation catholique.

 L’organisation de l’enseignement catholique est à l’image de celle de l’Eglise elle-même, c'est-à-dire qu’elle repose, de façon ordinaire et immédiate, sur les diocèses. Dans l’Eglise catholique, le diocèse est une entité territoriale, administrative et juridique autonome. Tout ce qui est supra-diocésain relève de la communion et non pas de la hiérarchie.

Chaque diocèse dispose d’une Direction Diocésaine de l’Enseignement Catholique qui assure la promotion de l’enseignement catholique dans le diocèse. Actuellement, le Burkina compte quinze diocèses, donc 15 directions diocésaines.

Le rapport entre les Directeurs Diocésains et le Secrétaire National de l’Enseignement Catholique relève plus de la communion, dans un esprit de travail concerté, d’unité dans l’action, plutôt que de la hiérarchie comme dans l’administration publique.

Les missions du Secrétariat National, d’ordre administratif, pédagogique et pastoral, sont de coordonner et de promouvoir la politique de l’Enseignement Catholique qui est définie par la Commission Episcopale et par le Conseil National. Le Secrétariat National de l’Enseignement Catholique est la liaison, la coordination et le service d’information entre toutes les structures internes et externes au pays en matière d’enseignement catholique. Il assure la coordination de tous les établissements préscolaires, primaires, post primaires, secondaires et supérieurs catholiques, relevant de l’enseignement formel et non formel, fondés ou sous la tutelle des paroisses, des diocèses ou des congrégations religieuses.